一、连接仪器。连接叶室和主机，连接时注意From和To管的连接。连接进气管和电源。关闭叶室，开机。在菜单系统（System）下选择打开测量模式（Measure mode on），然后选择标准测量头（Standard head）或荧光附件（LED-Arry/PAM-Module3055-FL）。在测量模式（Measure mode）下预热30～60分钟。
二、在菜单设置下进行文件名和参数的设定。首先设定文件名（File name）。然后设定流速（Flow），流速的范围600－900，气体交换强度较小时流速值可设定低一些，标准设定为750。设定流速之后，可设定CO2和H2O的浓度。若利用环境大气，不需控制CO2浓度，则不必设定，而且须将CO2吸收管换为空管；控制CO2浓度需先将CO2吸收管换上，同时安装好CO2注入系统（小钢瓶）；取消CO2设定操作：选择CO2，选OFF即可，未设定前显示为CO2off。设定叶室风扇的速度，一般设为5即可。之后可以设定叶室温度和光强。设定光强模式（Light Mode），有三种选择：外界光强PARamb，叶片上部PARtop，叶片下部PARbottom，通常选择PARtop，然后按light进行设定光强强度。选择叶室温度控制模式(Temp mode)：有三种选择：叶片温度Tleaf，叶室温度Tcuv，跟随外界温度Follow ambient Temp, 选择时输入各模式前的数字即可，并接着设定相应温度。按>>翻页,设定荧光参数，夹上无荧光的薄片进行调零Z－offset; 夹上暗适应后的叶片后调节测量光强度ML－Ampl及Gain使得瞬时荧光值Ft在200－300之间；其它参数为默认设定值即可。不测定初始荧光Fo和Fm时无需设定。
三、关闭严实叶室，观测主机前面的样品室和参比室的气流指示器显示的流量是否相等，若不相等，则需使用电脑联机校准气流直至流量相等。按窗口下部的测量模式Mode MP即选为调零模式Mode ZP，在此模式下进行调零，约30min，选Windows中的2charts，观查dH2O, d CO2的值的变化（均应接近直线），调零结束后储存调零结果（执行Store ZPirga；如果一开始未设文件名仪器会提示，需在settings下设文件名）（注：调零不够彻底的话测定的数值将不准确。WALZ公司建议每隔1h对仪器进行一次调零以确保测得的数据准确）
按Mode ZP选Mode MP，进入测量模式，开始测定光合；在Mode MP状态下，在Windows中选settings，下部常用的几个操作选择中将出现储存叶室调零store ZPcuv。测定前需先选择store ZPcuv进行叶室调零（注：尤其是测定的气体交换量非常小时此操作需在每次加入下一个叶片前进行一次），此时在不加叶片时，窗口显示的光合值A/气孔导度GH2O应接近0。
四、设定样品编号Object，将叶片夹入叶室中。若叶面积可充满8cm叶室则不需更改Area，否则都需要重新输入叶片实际面积，当然也可以测完后再确定了叶面积并按照公式进行计算。待各参数如净光合A，气孔导度GH2O等相对稳定时就可以按开始储存Start storing进行储存数据了。在储存之前可按照需要设定储存时间间隔Interval选择。同时测定荧光参数时可按窗口下方的常用操作中的储存测量值及最大荧光效率Store MP+Fv/Fm (需先暗适应并保持叶室黑暗) ，储存测量值和量子产额store MP+Yield.
五、更换叶片测量，关闭叶室后需观察一下样品室的气流流速指示的位置是否与参比室相平。
六、数据管理。通过USB线联机电脑，从系统菜单（System）下选择文件传输File transfer, 然后选择从GFS3000中输出文件transfer files from GFS300，之后按照提示操作即可将数据导入到电脑中。通过操作菜单1（option1）下的数据管理子菜单（data-management）可以删除储存卡中的数据文件
七、仪器校准：当|d CO2|>2ppm时需对校对CO2 零点，需联机对仪器进行校准，可参阅说明书；当|dH2O|>200ppm时需对H2O进行零点校对。如果使用频率较多的话，一般每隔1-2周需进行零点校准，可每隔3-5个月进行CO2和H2Ospan（最大值） 校准。
